Este instituto, originalmente denominado “Instituto de Geodesia”, fue creado el 19 de diciembre de 1951 en la entonces Facultad de Ciencias Exactas Físicas y Naturales (resolución Nº 749 del 19 de diciembre de 1951) y pasó a formar parte de la Facultad de Ingeniería por resolución del Consejo Universitario Nº 1357 del 3 de junio de 1953. Esto significa más de 60 años de actividad ininterrumpida. 

Los directores a lo largo de su historia fueron los profesores eméritos Ing. Eduardo Baglietto e Ing. Ángel Cerrato, el Agrim. Jorge Luis Mazzeo, la Dra. Virginia Mabel Silbergleit (vicedirectora) y el Dr. Ing. Ezequiel Pallejá.

El 1 de agosto de 2006, el Consejo Directivo de la Facultad de Ingeniería resolvió denominar al Instituto de Geodesia como Instituto de Geodesia y Geofísica Aplicadas.